经济研究院现在下设有产权研究所、金融理论与金融工程研究所、法经济学研究所、计量经济学研究所、就业与社会保障研究所、国际经济研究所、保险精算研究所、新经济史学与经济史研究室、经济周期与经济增长理论研究室、“三农”问题研究室、语言经济学研究室、教育经济学研究室等。产权理论、法经济学等是“211工程”和“985工程”重点建设的学科或平台。
创办有《制度经济学研究》(黄少安主编，集刊)和《山东大学研究生经济学学刊(半年刊)》两份学术杂志;与浙江大学经济学院联合举办一年一度的“中国法经济学论坛”，已成功举办六届，影响力越来越大;“山大经济学讲坛”——特别为那些处于学术研究前沿、有名有实或有实无名的海内外年轻学者常年提供一个宣讲其创新性思想的讲坛。
