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经济学研究所成立于1993年12月，其前身为清华大学社会科学系政治经济学教研室。经济学研究所主要从事理论经济学的教学与科研工作，目前有理论经济学一级学科博士学位授予权及理论经济学博士后流动站。招收理论经济学各方向博士后、博士生、硕士生与本科生。经济学研究所共有教师16人，包括全国人大代表、财经委委员1人(蔡继明教授)、全国政协常委1人(李稻葵教授)、国家***基金获得者及相当层次人才3人(李稻葵教授、龙登高教授、汤珂教授)、孙冶方经济科学奖获得者1人(龙登高教授)。第一任经济所所长为刘美珣教授，之后历任负责人有吴娅茹、蔡继明、邝梅、龙登高、刘涛雄等教授。多位著名学者先后被聘为本所兼职教授，其中包括李琮、吴树青、陈清泰、蒋黔贵、冒天启等著名经济学家。
在学生培养方面，经济学研究所的目标是要为国家培育经济实践领域或经济研究领域的领军人才，20多年间培养出大量优秀学生，包括党和国家领导人。为扎实学术的理论功底，经济学本科生的培养方案要求学生所修课程不仅包括微观经济学、宏观经济学等经济学课程，还包括微积分、线性代数等高等数学课程，以及政治学、社会学、心理学等社会科学课程。经济学研究所鼓励学生参加出国交换学习，与包括哈佛大学、剑桥大学等一批世界名校建立学生交换关系。
学术为本，育人为先。经济学研究所在学科建设与人才培养上注重前瞻性，力争以前沿性和交叉性引领学术范式，尤其专注于以下领域。
第一，政治经济学。本学科重点发展中国特色社会主义政治经济学，在坚持马克思主义政治经济学基本原理和方法的基础上，借鉴西方经济学的定量分析方法和有益成果，研究中国特色社会主义市场经济的内在规律，努力形成国内独树一帜的清华政治经济学学派。
第二，新经济史。运用包括产权理论、国家理论和意识形态理论在内的制度变迁理论，分析中外经济史，主要包括中国市场经济史研究和中外经济关系史研究，旨在为中国社会主义市场经济体制的选择和现代化模式选择提供理论基础和经验证据。本学科涵盖经济史、经济思想史及相关的制度经济学、发展经济学等。中国丰厚的历史遗产与制度遗产，通过中西比较，成为学术创新之源，可为中国特色理论正本清源。
第三、中国经济。中国改革开放的宏大实践已经为经济学理论的重大创新孕育了可能，这一问题已经引起国际上一流学者的关注。本方向从经济学的对象出发，以中国丰富的经济实践为基础，依托社会科学学院的多学科平台，对基本经济学理论进行框架式反思，努力建构新的理论范式，推动中国经济学在世界上从边缘走向中心。
第四、新经济理论。主要包括网络经济学、大数据经济学等领域，具体包括平台经济理论、互联网金融、大数据分析、创新经济等方向。力图站在人类产业革命和新技术革命的前沿，把握新经济形态的演变对经济学理论的挑战，探索信息科学和经济学的交叉领域，为经济学创新提供新的生长点。
自成立以来，本所教师主持完成及在研多项重要项目，包括国家社科基金重大项目，国家自然科学基金、国家社科基金、教育部人文社会科学规划项目及省部级以上项目等数百项。累计出版大量学术专著、教材与国际国内学术论文，并多次获省部级以上奖励项。近年来，经济学研究所开展了一系列学术活动，切入视角独特，努力引领学科创新，在国内外反响热烈。经济学研究所举办“陈岱孙理论经济学家讲堂”、“未来经济学家讲堂”两个常设研讨会。连续举办 “量化历史讲习班”，不仅在经济学界，而且在其他社会科学领域都产生强烈影响。国内首创并每年举办“大数据社会科学讲习班”，成为推动大数据和社会科学交叉融合的中坚力量。研究所每年主办“中国经济”、“网络经济与大数据”两个国际会议，以及 “中国特色社会主义政治经济学前沿论坛”等学术会议。
