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研究所创建于民国五十一年十月四日，由当时国立台湾大学商学系与行政院国家长期发展科学委员会讲座教授邢慕寰先生担任筹备处主任，并组织「设所谘询委员会」，聘何廉、李卓敏、李榦、刘大中、蒋硕杰、杨树人、施建生、邢慕寰、及万又煊九人为委员，协助策划筹备事宜。筹备工作于七年后结束，民国五十九年二月一日中央研究院经济研究所正式成立，并由筹备处主任邢慕寰院士担任首任所长。其后所长依序为于宗先院士、刘克智先生、李庸叁先生、许嘉栋先生、胡胜正院士、管中闵院士、彭信坤特聘研究员、及现任的简锦汉研究员。目前全所共有研究人员31名，包括特聘研究员4名、研究员13名、副研究员5名、助研究员9名;另有通信研究员7名、合聘研究员4名及兼任研究员3名。
研究所研究空间由前而后共分成A、B、C叁栋。民国五十二年，行政院国家长期发展科学委员会补助研究所建筑经费兴建A栋二层办公楼，同年一月十七日破土兴建，五十叁年六月六日落成迁入使用。后由于人员扩增，塬有空间不敷使用，政府復于六十九年及七十年拨款兴建地上五层、地下一层之B栋研究大楼，于七十一年七月一日正式完工启用。民国八十八年于修缮塬有两栋大楼的同时，将国科会资料中心收回，成为研究所的C栋大楼。
研究所早期以本土研究为重点，曾针对臺湾经济发展所遭遇及可能发生之重大经济问题，结合国内外经济学者，进行一系列的专案研究，先后完成「当前台湾物价问题」、「台湾经济发展方向及策略」、「台湾人力资源」、「台湾经济计量模型」、「台湾所得分配」、「台湾金融发展」等大型专案研究计画。近年来，在实证领域之外，亦逐渐加重理论性的研究，并积极推展国际化，加强与国内外学术界的交流，举办国际会议与执行国际学术交流合作计画等。
随着研究领域的扩充，民国七十一年开始，研究所将研究人员按领域分成四组，第一组以经济理论及计量方法为研究重点;第二组研究偏重于应用经济分析，包括产业及区域经济、农业、环境与资源经济，及医疗与福利经济等领域之实证与政策分析;第叁组之研究重点是总体面的经济分析，包括货币金融、财政理论及国际贸易与国际金融等领域;第四组之研究则包含经济史、经济发展及人口与劳动经济等。
研究所自创所便非常重视研究人才之培育，一方面鼓励同仁出国进修或从事短期研究，并邀请国外学者来访演讲，进行合作;另一方面也与国内各公私立大学合作，协助博硕士班之教学及论文指导工作。近几年，研究所更积极参与院「人文社会科学博士候选人培育」、「延聘博士后研究人员」、「奖励国内学人短期来院访问」等计画，协助国科会举办「经济学卓越营」的教学工作。此外，研究所亦开放丰富的图书馆藏，供外界查阅，并与院内其他人文社会系所合作购置大型资料库，强化软硬体设备，充实研究资源，努力为经济学界储备人才。
研究所先后于民国五十九年和六十二年发行「台湾经济预测与政策」与「经济论文」二份期刊。其中，「经济论文」是国内第一个被列入美国经济学会Journal of Economic Literature(JEL)的期刊，并在八十八年经国科会评审为人文社会科学类之「杰出期刊」，这是国科会第一次对国内经济学期刊颁发的杰出奖。研究所未来将致力于将此期刊发展为SSCI所属期刊。「台湾经济预测与政策」是国内经济预测方面的先驱，每半年对外发佈未来一年之台湾经济预测数值，并发表当前经济问题或政策研讨会的成果，这份期刊因此成为国内产官学界重要的参考资料。此外，研究所亦组织专书出版委员会，负责出版重要国内与国际学术会议之论文集，并与英国出版商Edward Elgar合作发行「亚太经济学术系列」(Academia Studies in Asian Economies)，目前已出版专书五册。
研究所一向以提升国内经济学研究水平为己任，除了出版期刊与专书、举办学术研讨会、并主办「当代名经济学家演讲系列」及「中华经济演讲系列」，邀请国际知名经济学者来台演讲。研究所也创风气之先，建立严格的研究人员升等续聘评鑑制度，作为提升学术研究水準的基础。近年来，研究所陆续有多位同仁分别获得杰出人才发展基金会之「杰出人才奖座」、教育部「学术奖」、国科会「杰出研究奖」、及中研院「年轻学者研究着作奖」等殊荣。民国八十八年，国科会将新成立的「社会科学研究中心」设置于研究所，就是对研究所在学术研究领导地位的一大肯定。未来研究所仍将以「追求学术卓越」为发展宗旨，并向「亚洲第一，世界一流」的目标努力迈进。
